健全多层次资本市场体系意义重大，具体包括：
①有利于调动民间资本的积极性，将储蓄转化为投资，提升服务实体经济的能力；
②有利于创新宏观调控机制，提高直接融资比重，防范和化解经济金融风险；
③有利于促进科技创新，促进新兴产业发展和经济转型；
④有利于促进产业整合，缓解产能过剩；
⑤有利于满足日益增长的社会财富管理需求，改善民生，促进社会和谐；
⑥有利于提高我国经济金融的国际竞争力。
Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ项正确，故本题选D。