选项A正确，企业因开出银行承兑汇票而支付银行的承兑汇票手续费：
借：财务费用
      应交税费—应交增值税(进项税额)
     贷：银行存款
选项B错误，“财务费用”科目属于损益类科目，期末结转入本年利润，结转后无余额；“应付利息”科目属于负债类科目，期末贷方余额反映企业应付未付的利息。
选项C错误，计算确认的短期借款利息费用：
借：财务费用
    贷：应付利息
选项D正确，企业支付已经预提的利息：
借：应付利息
    贷：银行存款